勤怠管理システムおすすめ企業を紹介!テレワーク・シフト制対応で選ぶポイント

勤怠管理システムを検討する企業が増えている背景には、単なる打刻のデジタル化では片づけられない実務課題があります。
出社と在宅勤務が混在する働き方、職種ごとに異なる勤務ルール、複雑なシフト管理、残業や休暇の適正把握、法改正への対応など、勤怠管理に求められる役割はここ数年でかなり広がりました。
紙やExcelでも管理できていた時代とは違い、今は「記録できるか」ではなく、「正確に集計できるか」「運用に無理がないか」「労務リスクを抑えられるか」という視点で選ぶ必要があります。
特にテレワークやシフト制を導入している企業では、勤務実態が見えにくく、属人的な管理になりやすいため、システム選定の良し悪しが日々の運用負荷に直結します。
見た目が分かりやすいだけのツールでは、現場の例外運用や複数雇用形態への対応で行き詰まることも少なくありません。だからこそ、自社の就業ルールに合った勤怠管理システムを見極める視点が重要になります。
この記事では、勤怠管理システムが必要とされる背景を整理したうえで、導入によって得られるメリット、比較時に外してはいけない選定ポイントを掘り下げます。
会社紹介パートは後ほど追記する前提で、まずは全体像を整理し、どのような企業にどのようなシステムが向いているのかを考えやすい土台を作っていきます。
勤怠管理システムが必要とされる背景
勤怠管理は「出退勤記録」だけでは済まなくなっている
勤怠管理という言葉から、出勤時刻と退勤時刻を記録する仕組みを思い浮かべる方は多いかもしれません。ただ、実際の現場ではそれだけで管理が完結することはほとんどありません。
休憩の取得状況、残業申請の有無、深夜勤務や休日勤務の扱い、有給休暇の残日数、遅刻早退の控除ルール、みなし残業との整合、複数拠点での勤務など、集計すべき要素は多岐にわたります。
こうした情報を手作業でつなぎ合わせる運用では、締め日前後に確認作業が集中し、管理部門だけでなく現場責任者の負担も膨らみます。しかも、入力漏れや確認漏れが発生すると給与計算や労務管理に影響が及ぶため、単なる事務作業ではなく、経営リスクに近い領域として捉える必要があります。
勤怠管理システムは、この複雑化した管理業務を標準化し、抜け漏れを減らすための基盤になっています。
テレワークでは勤務実態の把握が難しくなる
出社前提の勤務であれば、従業員が職場にいること自体が一定の可視化につながっていました。
しかしテレワークでは、始業・終業の境目が曖昧になりやすく、自己申告の比重が高まります。
その結果、打刻漏れが起きやすくなるだけでなく、実際には働いているのに記録されていない時間や、逆に記録上は勤務していても業務実態が伴っていないケースも生まれます。
さらに、在宅勤務では中抜け、時差出勤、家庭事情による一時離席など、従来より細かな勤務実態の把握が必要になります。
これをメールやチャット、Excelで補完しようとすると、ルールが人ごとに変わり、運用が一気に不安定になります。
テレワークに対応した勤怠管理システムが求められるのは、単にオンラインで打刻できるからではなく、見えにくい勤務実態をルールに沿って記録しやすくするためです。
シフト制の現場では例外処理の多さが運用負荷になる
シフト制の職場では、固定勤務とは違う難しさがあります。
早番・遅番・夜勤の組み合わせ、店舗や拠点ごとの人員配置、希望休の反映、急な欠員対応、繁忙期の増員など、勤怠管理は日々変動する前提で設計しなければなりません。
シフト表と実績がずれた場合の扱いも重要で、予定通りに出勤していない理由が、遅刻なのか、シフト変更なのか、応援勤務なのかで管理方法は変わります。
ここでシステムの柔軟性が低いと、結局は管理者が手作業で補正することになります。
つまり、シフト制対応と書かれていても、実際には「複雑な現場運用まで吸収できるか」が本当の論点です。
業種や雇用形態によって必要な機能は異なるため、飲食、小売、医療、介護、コールセンターなど、シフトの変動が大きい現場ほど、システムの適合性を慎重に見極める必要があります。
労務コンプライアンス対応の精度がより重要になっている
勤怠情報は給与計算の元データであるだけでなく、法令順守の観点からも非常に重要です。
長時間労働の把握、有給休暇の取得管理、休憩時間の付与、36協定の運用確認など、企業は従業員の働き方を適切に把握し、説明できる状態にしておく必要があります。
管理が曖昧なままだと、問題が起きたときに「把握していなかった」では済まされません。
このとき重要なのは、単に記録を残すことではなく、異常値やルール逸脱を早めに検知できることです。
月末に集計して初めて残業超過に気づくような運用では、リスク管理としては遅すぎます。
勤怠管理システムを選ぶ際には、打刻方法の便利さだけでなく、アラート機能、承認フロー、集計精度、履歴管理の見やすさまで含めて考える必要があります。
人手不足の時代ほど管理業務の省力化が重要になる
多くの企業で人手不足が課題になるなか、管理部門の負担軽減は後回しにできません。
勤怠確認、修正依頼、締め処理、集計、給与ソフトへの連携といった作業が毎月重なれば、それだけでかなりの工数になります。担当者の経験に依存した運用では、引き継ぎが難しく、退職や異動が起きたときに業務が止まりやすくなります。
勤怠管理システムの導入は、単なるIT化というより、再現性のある運用に置き換える取り組みです。
人が頑張って回している状態から、仕組みで安定運用できる状態へ移行できるかどうかが導入の価値を左右します。
特に今後、拠点拡大や人員増加を見込む企業では、今の人数で回せているかではなく、将来の運用負荷まで見据えて選定することが重要です。
勤怠管理システムを導入するメリット

集計ミスや確認漏れを減らしやすい
手作業での勤怠管理は、どうしても確認の抜け漏れが起こります。
打刻漏れを見落としたまま締めてしまう、残業申請と実績の整合が取れていない、休暇区分の入力が誤っているといったミスは、件数が少なく見えても、毎月積み重なると大きな負担になります。
しかも、こうしたミスは後から修正するほど関係者が増え、調整コストが高くなります。
勤怠管理システムを導入すると、入力ルールを揃えやすくなり、未入力や異常値を一覧で把握しやすくなります。
誰がどの時点でどの修正をしたか履歴が追える設計であれば、確認作業の透明性も高まります。
結果として、担当者個人の注意力に頼る運用から、仕組みでミスを防ぐ運用へ切り替えやすくなります。
テレワークでも公平な管理がしやすくなる
在宅勤務では、働いているかどうかを感覚で判断しにくいため、管理方法が曖昧になると不公平感が生まれやすくなります。
ある人は細かく申告しているのに、別の人は自己裁量で処理しているという状態では、現場の信頼性が下がります。
勤怠管理システムを使えば、打刻や申請、承認のルールを統一しやすくなり、働く場所が違っても同じ基準で管理しやすくなります。
ここで重要なのは、監視を強めることではありません。
むしろ必要なのは、勤務実態を必要以上に疑わず、客観的に記録できる状態を作ることです。
ルールが明確で、本人も管理者も確認しやすい環境があれば、テレワークに伴う運用摩擦を減らしやすくなります。
シフト作成から実績管理まで流れを整えやすい
シフト制の現場では、予定と実績が切り離されていると管理が煩雑になります。
シフト表は別ツール、勤怠実績は別管理、休暇申請は紙やチャットという状態だと、情報が分散し、最終的に誰かが手で突き合わせることになります。
これはミスの温床になるだけでなく、現場責任者の確認時間を奪います。
シフト管理に強い勤怠管理システムであれば、予定作成、変更反映、打刻実績、承認までの流れを一つの運用にまとめやすくなります。
急なシフト変更や応援勤務が多い職場でも、変更履歴が追いやすくなれば、月末に混乱しにくくなります。
単独の機能比較では見落としがちですが、実務ではこの一連の流れが整うことの価値は大きいです。
労務リスクの早期把握につながる
勤怠データは、単に給与計算のための数字ではありません。
長時間労働、休憩未取得、有給取得の偏りなど、組織の働き方に関する課題が表れやすいデータでもあります。
システム上で一定の条件にアラートを出せるようになれば、問題が深刻化する前に対処しやすくなります。
特に管理職が多忙な現場では、毎日細かく勤務状況を見るのは難しいものです。
だからこそ、異常を自動で見つけやすい仕組みが必要になります。
導入効果を考える際には、工数削減だけでなく、問題の早期発見という観点も持っておくべきです。
給与計算や人事労務との連携がしやすくなる
勤怠管理が独立した運用のままだと、締め後のデータ転記や再集計が発生しやすくなります。
これが毎月のルーティンになると、担当者は「作業のための作業」に時間を取られ、本来見たい分析や改善に手が回らなくなります。
勤怠管理システムが給与計算や労務管理と連携しやすければ、月次業務全体の流れが滑らかになります。
もちろん、連携できるだけで十分ではありません。
自社の締め日、雇用区分、手当ルールにどこまで合わせられるかまで確認しないと、導入後に別の手作業が増えることもあります。
それでも、データの受け渡しを標準化できるだけで、運用負荷の下がり方は大きく変わります。
おすすめの勤怠管理システム企業
それではここで、勤怠管理システムの構築に強い企業を厳選2社に絞ってご紹介いたします。
株式会社ネオレックス
会社概要

株式会社ネオレックスは、自社開発にこだわりながら独自の製品・サービスを提供しており、その根底には人を幸せにするIT企業を目指す姿勢があります。
さらに優れた製品だけでなく会社文化や制度も追求し、それらが社会に認められて模範となる状態まで視野に入れている点に、この会社の思想の特徴があります。
社名には、真のニーズに応え、独創的な技術によって広く世界に貢献するという創業時の思いが込められており、現在の事業姿勢にもその一貫性が表れています。
事業と組織運営を同じ価値観で結びつけている会社として捉えられます。
特徴・強み
ネオレックスの強みの一つは企画からサポートまでを一貫して担う体制にあります。
その総合力は、クラウド勤怠管理システム「キンタイミライ」が大規模向け国内シェア1位とされ、高い技術力ときめ細やかなコンサルティングを特徴としている点にも表れています。
複雑かつ大規模な処理を高速かつ安定して動かす技術力と、顧客のニーズを整理して最適化し、システムへ落とし込む力が、高い満足度や10年を超える継続利用につながっており、こうした安定性の背景には原理理解を重視する姿勢があります。
さらに技術力や事業性だけでなく、メンバーの幸せを追求する取り組みまで評価されていることから、同社の強みは製品単体ではなく、組織全体の思想と実践に支えられていると見てよいでしょう。
会社事業内容
ネオレックスの事業は、優れた製品やサービスが顧客、社会、そして自分たち自身を幸せにするという考え方の上に組み立てられています。
その象徴の一つが「タブレット タイムレコーダー」で、iPadをタイムレコーダーとして使えるアプリとして提供され、「働く人を笑顔に」というコンセプトのもと、他社製品にない機能を備えながら幅広い現場で利用されています。
この製品の背景には、「タイムレコーダーにできることはもっとある」という発想があり、業務効率化にとどまらず、働く人を笑顔にし、幸せにすることまで目指して設計されています。
実際の機能を見ると、残業や休日勤務の自動集計、給与ソフトとの連携といった基本機能に加えて、パーソナルダッシュボード、ビデオメッセージ、体調管理、見守り機能など、従来のタイムレコーダーにはない発想が組み込まれています。
ここでは単に勤怠情報を処理するのではなく、製品を通じて使う人の体験そのものを良くしようとする事業姿勢が通っています。
また、ネオレックスは勤怠管理だけに閉じた会社ではなく、自己管理のためのiPhoneアプリ「MyStats」も世界104ヶ国で28万人以上に利用される製品へ育てています。
提供開始から10年以上が経過しても利用が続いていることから、同社が単発の開発ではなく、長く使われるサービスを育てる力を持っていることがうかがえます。
こうした事業を支えているのは、若手にも大きな仕事を任せる文化と、人を尊重する組織姿勢です。さらに、製品やサービスだけでなく、ツール、家具、内装まで自作する文化を持っているため、ものづくりそのものを事業の根に置く会社としての輪郭がより明確になります。
株式会社ソウルウェア

会社概要
株式会社ソウルウェアは、「余白のある働き方」を通じて幸せを考える機会を生み出し、多様な価値観と個性が活きる社会を目指す会社です。
その出発点には、2012年の創業時から掲げてきた「ITに魂を」というメッセージがあり、魂に従って生きることが幸せにつながるという考えのもと、働く人の魂を損なわない働き方を追求しています。
日本の働き方を変えるソリューション開発に着手した経緯があります。
特徴・強み
ソウルウェアの強みは、単に業務を効率化するだけでなく、サービスを通じて心や時間に余白を生み出し、本当にやりたいことへ向き合える環境をつくろうとしている点で、外部のさまざまなサービスと連携できるため、業務に合わせた柔軟な運用を組みやすいことも特徴です。
さらに、顧客の要望を反映しながら継続的にアップデートを重ね、使い勝手を高め続けている点には、導入後も利便性を改善していく姿勢が表れています。
その根底には、他者をリスペクトする価値観と、顧客に向き合う一貫した姿勢があります。
会社事業内容
同社の代表的なサービスが「キンコン」で、交通系ICカードをタッチするだけで勤怠管理と交通費精算を扱える仕組みにより、見えにくい労力コストの削減を目指しています。
しかも、5名から利用でき、1名あたり月額220円という導入しやすい価格設定になっているため、初期導入のハードルを抑えながら無駄な業務の削減につなげやすい構成です。
加えて、kintoneと連携することで、シフト管理の作成や変更履歴の管理まで広げられるため、自社の運用に合わせたより柔軟な勤怠データ管理にも対応しやすくなっています。
ソウルウェアはキンコンだけでなく、kintoneに帳票出力機能を加える「レポトン」も提供しており、日々の記録から帳票活用まで含めた業務効率化を後押ししています。
実際の導入事例では、弁護士法人が紙のタイムカードから脱却し、ICカード打刻と自動集計によって多様な働き方への対応、工数削減、勤務状況の見える化を進めています。
また、訪問看護の現場では、キンコンとkintoneを組み合わせることで、直行直帰の多い複雑な勤怠や手当の管理を効率化し、月末業務の負担軽減と安心して働ける環境づくりにつなげています。
さらに、設備メンテナンス業の事例では、現場に寄り添う改善姿勢によって、事務作業の大幅削減と社員の働きやすさを実現しています。
勤怠管理システムの選び方ポイント

テレワーク対応は「オンライン打刻」だけで判断しない
テレワーク対応と聞くと、スマートフォンやPCから打刻できる機能を思い浮かべがちです。
ただ、それだけで十分とは言えません。実際には、打刻漏れ時の修正フロー、中抜け対応、在宅勤務日の区分管理、申請承認のしやすさ、管理者側の確認画面の見やすさまで含めて確認する必要があります。
現場で困るのは、打刻できるかどうかよりも、例外が起きたときに処理しやすいかどうかです。
テレワークの頻度が高い企業ほど、日常的に起こる細かな運用まで想定して選ぶべきです。
シフト制対応は業種特有の運用を吸収できるかが重要
シフト制対応のシステムは多く見えますが、実際の使いやすさはかなり差があります。
勤務パターンの登録数、希望休の扱い、複数店舗の横断管理、夜勤跨ぎの計算、応援勤務の反映など、現場ごとの論点が異なるからです。
自社に必要な条件を整理せずに比較すると、表面的な機能差しか見えません。
そのため、選定時には「シフトが組めるか」ではなく、「今の現場運用をどこまで無理なく載せ替えられるか」という観点で見る必要があります。
特に現場責任者が日常的に操作する場合は、管理画面の理解しやすさも軽視できません。
自社の就業規則や雇用形態に合うかを確認する
勤怠管理システムは汎用的に見えても、実際には会社ごとのルールとの相性があります。
正社員、契約社員、パート、アルバイトなど複数の雇用形態が混在している企業では、同じように見える打刻でも集計ルールが異なることがあります。
残業計算、休暇区分、締め処理の流れなど、自社の運用に沿うかどうかを事前に見ておかないと、導入後の調整が重くなります。
導入前には、現状の就業ルールを整理し、絶対に譲れない要件と、運用変更で吸収できる要件を分けておくことが大切です。
これを曖昧にしたまま選ぶと、比較表では優秀でも現場では使いにくいという事態が起こりやすくなります。
導入後の定着支援やサポート体制を見る
勤怠管理システムは、契約して終わりではありません。
初期設定、従業員への周知、管理者教育、運用ルールの整理など、定着までにやるべきことは多くあります。
システム自体が優れていても、設定や導入支援が弱いと、結果的に社内で使いこなせず、機能を持て余すことがあります。
とくに初めて勤怠システムを導入する企業や、紙・Excel運用から切り替える企業では、サポートの質が成否を左右します。
問い合わせしやすいか、導入時にどこまで伴走してくれるか、運用開始後の改善相談ができるかといった点は、価格と同じくらい重視してよいポイントです。
比較表よりも運用イメージで選ぶ
システム比較では、機能一覧や料金表に目が向きがちです。もちろんそれらは大切ですが、実務では「誰が、いつ、どの画面で、何をするか」が明確にイメージできるかの方が重要です。
打刻する従業員、承認する上長、締め処理を行う管理部門、それぞれの動線が自然かどうかで、定着率は大きく変わります。
そのため、選定時にはスペック比較だけで結論を出さず、デモや試用の中で日常運用を具体的に想像することが欠かせません。
便利そうに見える機能が実際には使われないこともありますし、逆に地味な確認機能が現場では非常に重要なこともあります。
選ぶべきなのは、多機能なシステムではなく、自社にとって無理なく回るシステムです。
まとめ
勤怠管理システムは、出退勤を記録するだけのツールではありません。
テレワークやシフト制といった多様な働き方に対応しながら、労務リスクを抑え、管理工数を減らし、組織として再現性のある運用を作るための基盤です。
だからこそ、「知名度が高い」「導入社数が多い」といった表面的な比較だけでは足りません。
特に、テレワーク中心の企業とシフト制中心の企業では、重視すべき機能も運用課題も異なります。
自社の勤務ルール、現場の例外運用、管理者の負担、将来的な人員増加まで見据えたうえで選定することが重要です。
比較の出発点は機能一覧でも、最終的な判断基準は現場で回るかどうかに置くべきでしょう。